BOVO Haaglanden wordt getrapt aangestuurd door het regionale overleg van de gezamenlijke po- en vo-besturen (het POVO-platform), de bestuurlijk portefeuillehouder en de programmamanager. De programmamanager, ondersteund door het BOVO-team, ziet er op toe dat de BOVO-procedure wordt uitgevoerd. Het SWVZHW is penvoerder voor het personeelsbeleid en financiën. De in 2018 opgerichte BOVO-klankbordgroep (KBG) bestaat uit schoolleiders po en vo en denkt mee over praktische onderwerpen en kan gevraagd en ongevraagd adviezen uitbrengen aan de portefeuillehouder en programmamanager.

Het team van BOVO bestaat uit vier programmamedewerkers, drie servicedeskmedewerkers en een projectmedewerker. Zij verzorgen onder leiding van de programmamanager de uitvoering van de BOVO-procedure door de scholen, de tweedelijns helpdeskondersteuning en de digitale verwerking van gegevens in POVO OT.