Voor leerlingen die na ronde 1 nog geen plek hebben, is er een tweede ronde van aanmelden, behandelen en toelaten. Dit gaat vooral om leerlingen die in de eerste ronde zijn uitgeloot op alle scholen van de voorkeurslijst of die nog niet eerder zijn aangemeld. Maar ook leerlingen die in de eerste ronde wel een aanbod tot toelating hebben ontvangen van een middelbare school, maar toch willen veranderen van school. Aanmelden voor de tweede ronde start op dinsdag 21 en loopt tot en met vrijdag 24 mei 2024.

Ronde 2 kent geen voorrangsregels en verschillende fasen meer: alle aangemelde leerlingen gaan direct naar een tweede centrale loting & matching. Maatwerkleerlingen worden ook in deze ronde met maatwerk (en als het nodig is een maatwerkloting) toegekend aan een middelbare school.  Direct na de centrale loting & matching op 31 mei 2024 ontvangen de ouders van alle aangemelde leerlingen wederom een bericht met het toelatingsbesluit. De voorschriften die in de eerste ronde van toepassing waren met betrekking tot het aanmelden, behandelen van dossiers, het toelatingsbeleid van de middelbare scholen en passend onderwijs inclusief zorgplicht zijn ook in ronde 2 van kracht, met dien verstande dat voorrangsregels niet meer kunnen worden toegepast.

Aanmelden kan in deze ronde alleen op de middelbare scholen die nog plek hebben. De capaciteit van de scholen wordt per niveau op de Scholenwijzer gepubliceerd.