Voor leerlingen die na ronde 1 nog geen plek hebben, is er een tweede ronde van aanmelden, behandelen en toelaten. Dit gaat vooral om leerlingen die in de eerste ronde zijn uitgeloot op alle scholen van de voorkeurslijst of die nog niet eerder zijn aangemeld. Maar ook leerlingen die in de eerste ronde wel een aanbod tot toelating hebben ontvangen van een middelbare school, maar toch willen veranderen van school. Aanmelden voor de tweede ronde start op 20 en loopt tot en met 26 mei 2026.

Na de centrale loting & matching is op 3 juni wederom een bericht met het toelatingsbesluit. Aanmelden gaat op dezelfde manier als in de eerste ronde, alleen gelden er geen voorrangsregels meer. Ook kunnen alleen middelbare scholen op de voorkeurslijst geplaatst worden die nog plek hebben. Het overzicht van plekken per niveau (de capaciteit) staat vanaf 17:00 uur op 18 mei 2026  op de Scholenwijzer.